Préchauffer le four à 180 °C (350 °F). Placer la grille au centre du four.
Dans un grand bol, mélanger tous les ingrédients du bloc #1 : farine, avoine, graines de lin, graines de chia, poudre à pâte, gingembre, cannelle, muscade, clou de girofle et sel. Réserver.
Dans un autre bol, combiner les ingrédients du bloc #2 : lait, huile, sirop, oeufs et vanille. Incorporer aux ingrédients secs et mélanger délicatement.
Ajouter les carottes et mixer de nouveau.
Répartir la pâte dans 12 moules à muffins couverts de caissettes en silicone.
Cuire 23 minutes ou jusqu’à ce qu’un cure-dents inséré au centre d’un muffin en ressorte propre. Laisser tiédir. Démouler et laisser refroidir sur une grille.